Elles ont été tracées en 1945 au moment de la fondation de la Fédération socialiste de Yougoslavie, mais sur la base de lignes de partage beaucoup plus anciennes.

Avec la Bosnie-Herzégovine (932 km)  : la frontière remonte à 1718, date de la paix de Passarowitz entre l’Empire ottoman et l’Autriche. En décembre 1998, la SFOR chasse l’armée croate de la ville de Martin Brod. Depuis, la frontière n’a plus été violée. Elle fait l’objet d’un accord frontalier entre les deux États signé en juillet 1999.

Parmi les litiges frontaliers : un îlot de quelques hectares situé au niveau de Hrvatska Kostajnica, sur la rivière d’Uncica. Le pont détruit en 1995 a été reconstruit fin 2001.

Avec la Serbie (250 km)  : la frontière contestée par les Serbes entre 1991 et 1996 en Slavonie orientale a été finalement reconnue par Belgrade en août 1996. Les relations ferroviaires ont été reprises en novembre 1997.

Avec le Monténégro : Reste le problème de Prevlaka en Dalmatie méridionale.

Avec la Hongrie (329 km)  : la frontière suit pour l’essentiel le cours de la Drave. Sauf à l’Ouest où la Drave délimite une petite région au fort particularisme, la Medimurje et à l’extrémité Est où elle isole la Baranja.

Avec la Slovénie (501 km) : la frontière correspond à la ligne de partition linguistique. Quelques modifications mineures avaient été réclamées par l’extrême droite slovène en 1992. Ces revendications sont aujourd’hui abandonnées. Un accord sur la frontière (notamment les limites maritimes dans la baie de Piran) a été signé en juillet 2001, mais n'a pas été ratifié par le parlement croate. Il a fallu attendre un arbitrage international, pour que Ljubljana et Zagreb concluent un accord frontalier, le 11 septembre 2009..

La frontière n’était toujours pas été définie et les deux pays conçoivent de manière différente. « La ligne de frontière, que les Slovènes considèrent comme non définie, et pour laquelle ils réclament une solution plus conforme aux intérêts de la population locale, en la fixant sur la rivière Mura, suit en fait l’ancienne ligne cadastrale, en vigueur au moment de la proclamation des indépendances.

La situation est donc diamétralement inverse de celle qui prévaut en Istrie, puisque là-bas, c’est au contraire la Slovénie qui réclame le respect d’une ligne cadastrale que la Croatie refuse de reconnaître. À la différence du contentieux d’Istrie, celui qui se joue aux confins du Prekmurje slovène et du Medjimurje croate a des antécédents qui risquent de compliquer le dossier. » (Le Courrier des Balkans, 18 septembre 2006)

Concernant le conflit maritime, un régime provisoire a été mis en place en septembre 2002, les pêcheurs croates et slovènes ayant des permis spéciaux pourront exercer leur activité dans la totalité de la baie de Piran (de Savudrija, pour les Croates). Il est également prévu une coopération des gardes-côtes croates et slovènes dans la baie. Ce régime ne préjugerait pas de la définition de la frontière maritime et devrait contribuer à une diminution des tensions entre les deux pays. Le projet de mise en place d'une zone économique exclusive (ZEE) dans l'Adriatique est très mal pris à Ljubjana qui menace, dans cette hypothèse, de ne plus soutenir la Croatie face à Bruxelles.

Le Sabor a voté 3 juin 2004 en faveur de la mise en œuvre sur l’Adriatique d’une zone écologique et de pêche. Celle-ci sera établie dès l’année prochaine mais ne concernera pas les pays membres de l’Union européenne. Les Croates considèrent que l’extension de la juridiction de leur pays sur l’Adriatique est conforme à la Convention de l’ONU sur le Droit de la mer, la Slovénie et l’Italie y sont opposées afin que leurs pêcheurs puissent conserver les droits de pêche dont ils disposaient jusqu’à présent.

« À partir du 1er janvier 2008, tous les ponts sur les fleuves qui marquent la frontière entre la Slovénie et la Croatie, et qui ne sont pas des passages officiels, seront détruits. Surtout ceux qui surplombent les fleuves Kupa et Sutla. » (Courrier des Balkans), telle est la conséquence de l'adhésion de la Slovénie à l'espace de Schengen.

Après avoir fait appel à un arbitrage international, Ljubljana et Zagreb ont conclu un accord le 11 septembre 2009, ce qui permet à la Croatie de reprendre ses négociations d'adhésion à l'UE.