L’Estonie est bordée au nord par le golfe de Finlande, à l’est par la Russie, au sud par la Lettonie et, à l’ouest, par la mer Baltique.

L’Estonie possède 1 520 petites îles ; les deux plus vastes, Saaremaa et Hiiumaa, séparent le golfe de Riga de la mer Baltique.