Le chef de l’État est le président de la République, élu au suffrage universel pour cinq ans. Également chef du gouvernement, il nomme, avec l’approbation de l’Assemblée, un Premier ministre, qui gère les affaires courantes. Le président ne peut opposer son veto à une loi votée par les deux tiers de l’Assemblée.

Le Parlement macédonien a adopté en octobre 2008 une réforme constitutionnelle modifiant la loi électorale qui vise à abaisser le seuil de participation de 51 à 40 % pour l'élection du chef de l'Etat et à créer une commission électorale nationale dont le président serait nommé par l'opposition.

Prochaine élection présidentielle : 15 mars 2009