Le premier ministre est Mirek Topolanek (conservateur) depuis septembre 2006. Son gouvernement de droite a succédé à un gouvernement de gauche.
Droite et gauche étant arrivé à égalité aux législatives de juin 2006 (100 députés dans chaque camp), la constitution d'un gouvernement fut très difficile. Mirek Topolanek (ODS) a formé un premier gouverment ODS = indépendant en septembre 2006, puis un deuxième (ODS-KDU-SZ) en janvier 2007. C'est l'entré des verts (SZ) dans la colation qui a permi la mise en place d'un gouvernement disposant d'une majorité.
Le premier ministre (predseda vlády), ainsi que les membres du gouvernement (vláda), sont désignés par le président de la République (Prezident), sous le contrôle de la majorité parlementaire.
Anciens Premiers ministres
Václav Klaus (ODS) 1993-1997
Josef Tosovsky - décembre 1997-juin 1998
Miloš Zeman (CSSD) - 1998-2002 - gouvernement minoritaire, ne peut se maintenir au pouvoir qu’avec l’appui de l’ODS
Vladimir Spidla (CSSD) - 2002-2006 - CSSD majoritaire, coalition avec le KDU et l’US