Après quarante ans d'interdiction officielle, on a réintroduit une question concernant la foi religieuse dans le recensement de 2000. Les résultats montrent que plus de 50 % de la population se définit comme agnostique ou athée. En Bohême du Nord, ce groupe représente les trois quarts de la population.

31,7 % de la population se dit « croyante »

- catholiques romains : 2,7 millions

- protestants (Église évangélique tcheque) : 137 000

- hussites : 100 000

- autres : 315 000

- sans religion / athée : 58,3 %